За съжаление въпроса Ви е зададен доста объркващо и за това ще се опитам да отговора по принцип.
  Под материална отчетност трябва да разбирате целият документо оборот във Вашата фирма, а когато става дума за следене на стокова наличност това са приходните и разходните стокови разписки и определените въз основа на тях складови наличности. Няма специално разработени документи за водене на материална отчетност за пред митница. Всички документи, които придружават стоката или с които тя е заприходена или изписана от склада Ви може да бъде обект на контрол от страна на митницата. При съпоставка на фактическите наличности и записите по счетоводните Ви книги може да се установи доколко спазвате разпоредбите на митническото законодателство за съхраняваните от Вас стоки под митнически надзор.

На първо място бих искал да направя уточнението, че по силата на Конвенция ТИР, ако размера на митните сборове и дължимите държавни вземания за превозваните под режима стоки надвишава лимита от $50000, то карнета не може да бъде задействан. Ако това все пак е станало, то е в нарушение на Конвенцията и митническите власти на всяка една държава може да не допуснат това превозно средство на своята територия. Това, което можете да направите е да учредите режим транзит от входящото до получаващото (обмитяващо) митническо учреждение с пълно обезпечение на дължимите митни сборове и държавни вземания. За целта обаче ще трябва да преведете сумата по депозитната сметка на първото митническо учреждение, за да може тя да послужи като обезпечение, а след това като представите стоката в получаващото учреждение, този депозит по служебен път ще бъде трансформиран в плащане на съответните мита, данъци и такси. Това е вариант, ако сами учредявате този вид гаранция, но при желание от Ваша страна може да ползвате и услугите (банкова гаранция) на някоя митническа агенция или спедитор.
  От друга страна ако отговаряте на изискванията на чл.275, ал.3 от ППЗМ, Вие можете да получите разрешение за представянето на намален размер на обезпечението посредством Ваша банкова гаранция или изобщо да бъдете освободени от представянето на такава. За целта трябва да бъдете одобрени от страна на Агенция "Митници" и да получите съответните сертификати, които да представяте пред отправните митнически учреждения по режим транзит. Подробно описание на критериите, по които става преценката можете да видите в Приложение №18г на ППЗМ.

Това, което можете да направите е да искате възстановяване на разликата от надвнесените мита и други държавни вземания. За целта трябва да подадете мотивирано искане до началника на съответното митническо учреждение (в случая това е Митница София и МБ Илиянци), към което трябва да приложите констативните протоколи. Позовете се на чл.214, ал.2 от ЗМ и чл.876, ал.1 от ППЗМ. Трябва да имате предвид, че надвнесеното мито може да Ви бъде възстановено от митницата, но останалите държавни вземания (такси, акцизи, ДДС и др.) се възстановяват от данъчната администрация след представяне на становище от митническите органи.

За да се направи преоценка на стоката трябва да имате основателна причина за това, но като цяло съм убеден, че такава няма да Ви бъде разрешена. Преоценката по своя характер е свързана с намаляване на потребителските качества на стоката по обективни причини (ако става дума за плодове например и те се развалят). Не сте упоменали какво е естеството на Вашата стока, но с поставянето и под режим митническо складиране Вие сами сте поели риска и митницата не би уважила подобни претенции.
  Иначе вариантите са именно тези - унищожаване под митнически надзор или изоставяне в полза на държавата. Трябва да имате предвид, че дори и тук е необходимо съгласието на надзорното Ви митническо учреждение.

По принцип изискване на митницата за товарните помещения на превозните средства е да не могат да се поставят или изваждат стоки без да останат видими следи за това. Естествено вратите трябва да са снабдени със съответните приспособления, позволяващи поставянето на митническите пломби. Ако прозорците, за които споменавате могат да се отварят (свалят), то най-вероятно няма да Ви разрешат използването на автомобила за транзитиране на стоки. Проблем може да се окаже и наличието на тази решетка, тъй като не трябва да има възможност за какъвто и да е контакт със стоките.
  Лекотоварните автомобили могат да се използват единствено при превозването на стоки на митническата територия на страната (стоки, поставени под режим транзит). За да извършвате подобни услуги не е необходимо да представяте каквито и да било документи пред отправното за режима митническо учреждение, достатъчно е горните условия да са налице. Международен превоз с подобни автомобили също е възможен, но превоза не може да се осъществи под покритието на Карнет ТИР, тъй като там изискванията за допускане до режима са доста по-големи.

Няма никакъв проблем да обмитите стоката в София. Нужните условия за това са на лице: ТИР карнета е насочен за митница на територията на столицата и Вие имате пълномощно за представителство на фирмата (то обаче трябва да има правна сила на територията на РМД София). Това, че седалището на фирмата е в Пловдив, не трябва да Ви безпокои. Вашият случай не е прецедент.

При износ на стоки от Република България не се начисляват или събират никакви митни сборове или други държавни вземания. Идеята на законодателя е да облекчи в максимална степен износителите и по-този начин да се стимулира тяхната дейност. Това правило важи за всички стоки без изключение.

Отговорът ми е категорично не, т.е. според мен въпреки че в чл.11, ал.7 от Закона за акцизите не е споменато кафето, в подобни ситуации не възниква задължение от Ваша страна за плащане на акциза. Хипотезата на този член е по-скоро, че вече платеният акциз под формата на бандероли няма да бъде възстановен, но ще се признае като разход за данъчни цели.

Във въпроса Ви липсва повече информация, поради което ще отговоря принципно.
  Текстът на чл.488б, т.1 от ППЗМ говори,че нормата за Временен внос/пълно освобождаване ще се прилага, ако железопътното транспортно средство е предоставено на лицето по силата на споразумение. Има се предвид споразуменията, които уреждат публични международни отношения в областта на ж.п. транспорта (СМГС, CIM, COTIF).
  Ако говорим за търговски взаимоотношения с международен елемент (тъй като двете страни по договора са разположени на територията на различни държави), то те са в сферата на международно частно право и не попадат в гореописаната хипотеза. Ако допусна, че става въпрос за взаимоотношения между две частни лица (търговски дружества с регистрация в България и в Румъния), нормата на чл.488б, т.1 е неприложима за тях, следователно се прилага режимът Временен внос/частично освобождаване.
  Тънкият момент е какви са страните и какво е записано в договора за наемане на локомотива. Считам, че въпросът дали ще се приложи Временен внос/пълно освобождаване или Временен внос/частично освобождаване е въпрос, който ще се реши от разрешаващата митница, която разглежда документите.

Няма нормативно определени стоки, за които да е задължително ползване покритието на ТИР карнет. Пропан-бутана, който е с тарифен номер 271129000, може да бъде транспортиран и с транзитна декларация (ЕАД), с пълно обезпечение на митните сборове и другите държавни вземания. Ако използвате жп транспорт (цистерна), то тогава също няма да Ви е необходим ТИР карнет. От Вас зависи кой вариант ще изберете. Трябва да знаете, че стоката е акцизна и на митница ще Ви изискат Удостоверение за регистрация по Закона за акцизите - чл.4, ал.8 от ППЗА. Освен това режим внос за Вашата стока се контролира със Заповед №41/2002 г. за определяне компетенциите на митническите органи при внос и износ на акцизни стоки. Т.е. стоката Ви може да мине през точно определени митнически пунктове, както и да бъде обмитена на точно определени места.