Съгласно Закона за митниците, митническата администрация е централизирана административна структура. Тя е организирана в Агенция "Митници" към Министерството на финансите на Република България и е самостоятелно юридическо лице на бюджетна издръжка със седалище в гр. София.


    Агенция "Митници"
    Агенция "Митници" е структурно звено на Министерството на финансите. То има статут на юридическо лице и второстепенен разпоредител с бюджетни кредити със седалище в София. Ръководи се и се представлява от директор. Той се назначава и се освобождава от министъра на финансите съгласувано с министър-председателя. Организира, ръководи, контролира и отчита дейността на митническите учреждения и извършва митническа дейност. Освен това тя организира изпълнението на политиката на държавата по отношение на вносно-износната дейност. За целта осъществява организаторски, ръководни, контролни и методически функции в областта на митническия контрол и на международното сътрудничество в тази област, информационно обслужване и Национален учебен център.

    Централно митническо управление (ЦМУ)
    ЦМУ осъществява функции по организацията, ръководството, планирането, координирането, отчетността и контрола върху дейността на митническата администрация. То изпълнява и други задачи, възложени от директора на агенцията в рамките на неговите компетенции.

    Общата администрация в ЦМУ включва следните 5 дирекции:
    - Дирекция "Финанси и обществени поръчки"
    - Дирекция "Организация и управление на човешките ресурси"
    - Дирекция "Административно обслужване"
    - Дирекция "Национален учебен център"
    - Дирекция "Управление на собствеността и логистика"

    Специализираната администрация е организирана в следните 9 дирекции:
    - Дирекция "Митнически режими и процедури"
    - Дирекция "Акцизи"
    - Дирекция "Тарифна политика"
    - Дирекция "Последващ контрол"
    - Дирекция "Митническо разузнаване и разследване"
    - Дирекция "Информационни системи"
    - Дирекция "Международни отношения"
    - Дирекция "Централна митническа лаборатория"
    - Дирекция "Стратегически анализи и прогнози"

    Дирекциите от специализираната администрация в рамките на дадените им компетенции участват и в работата на органите на Европейската комисия и на Европейския съвет.

    Инспекторат
    Инспекторатът е на пряко подчинение на директора за осъществяването на административен контрол върху дейността на митническата администрация. Той извършва комплексни, тематични, планови, извънпланови и последващи проверки на митническите учреждения, на дейности и процеси по осъществяване на административната дейност в Агенцията, както и проверки за спазване на митническото, акцизното, валутното и друго законодателство.

    Звено по сигурността
    Звеното по сигурността е със статут на отдел и е на пряко подчинение на директора на агенцията. Осигурява сигурност на информацията чрез контрол за спазване на изискванията на Закона за защита на класифицираната информация и на международните договори в тази област. За целта води регистратура за класифицираната информация и отговаря за създаването, обработването, съхраняването и предаването на информация.

    Звено по вътрешен одит
    Звеното по вътрешен одит е структурирано в отдел на пряко подчинение на директора на агенцията. Осъществява функции по вътрешен одит съгласно Закона за вътрешен одит в публичния сектор. Извършва вътрешен одит на всички структури, програми, дейности и процеси в агенцията и на разпоредителите с бюджетни кредити от по-ниска степен към директора на агенцията.

    Звеното по мрежова и информационна сигурност
    Това звено е организирано в отдел на пряко подчинение на директора на агенцията и осъществява дейността си по Наредбата за общите изисквания за оперативна съвместимост и информационна сигурност. Основната му функция е да следи за прилагането и спазването на правилата за мрежова и информационна сигурност, с цел защита на обработката, разпространението и съхранението на информацията в митническата администрация. Звеното отговаря за защитата на интелектуалната собственост и материалните активи на агенцията в областта на информационните и комуникационните технологии, разработва инструкции, указания и процедури, свързани с мрежовата и информационната сигурност и контролира изпълнението им. То следи за новостите и заплахите за сигурността и разработва и предлага подходи и решения за подобряване на мрежовата и информационната сигурност на българските митници.

    Митници
    Митниците са организационни звена на регионално ниво. Към тях са структурните звена митнически бюра и/или митнически пунктове. Администрацията на митниците е обща и специализирана и е организирана в отдели. Със статут на митници са 9 митнически учреждения, които обхващат селищата в областите, без обаче да ги покриват напълно. Това са митниците Аерогара София, Столична митница, Бургас, Варна, Пловдив, Русе, Свищов, Лом и Югозападна (Благоевград). (Данни за контакт с митническите учреждения)

    Митническите бюра и митническите пунктове при осъществяване на контролната си дейност се ползват с правата на митници, без правото да издават постановления по делата за митнически и валутни нарушения.

    Митническите пунктове, наричани гранични пропускателни пунктове, са разположени на държавните граници, в пограничните зони, вътрешните и свободните зони, териториалните води и въздушното пространство, т.е. върху цялата митническа територия на страната ни. При наличието на двустранна международна договореност те могат да бъдат и на чужда територия в т. нар. единни митнически контролни пунктове.

За повече информация виж Устройствен правилник на Агенция Митници